共青团中科院南京土壤所委员会成立于2006年5月25日。现有团员350名，其中学生团员296名，女团员140名。团委成员5名，7个团支部各配有3名支部委员。所团委的成立是广大青年团员民主生活中的一件大事，团委成立后，开展了系列活动显著增强了我所年轻人的凝聚力。 
　　南京土壤研究所团委在所党委和上级团委的领导下，独立自主的开展工作，其职责如下：　
一、 根据南京土壤研究所党委工作计划制定全年共青团工作计划，督促领导各团支部落实各项工作。　 
二、 组织全所广大团员、青年进行思想政治教育工作：　
　 1、 学习马列主义、毛泽东思想、邓小平理论；　
　 2、 学习党团基本知识，加强党团政策宣传；　
　 3、 结合时事政治开展系列教育活动；　
　 4、 及时了解团员思想状况并作好落后团员的思想转化工作。　 
三、 研究规范有关团委工作的规章制度，使共青团工作系统化、科学化、制度化。　 
四、 团建工作：　
　 1、 团员发展工作　
　 2、 团员注册工作　
　 3、 团员评议工作　
　 4、 团员评优工作　
　 5、 先进团支部评选工作　
　 6、 团员干部队伍建设　
　 7、 指导各团支部工作　 
五、 组织全所团员青年开展各项有益活动，陶冶情操、锻炼身体、增强凝聚力，为科研事业做出积极贡献。　 
六、 配合所党委作好党建工作：　
　 1、 优秀团员入党推荐工作　
　 2、 协助入党积极分子培养考察工作　 
七、 积极完成院党委和上级团委交办的其他工作。